Zdanění prodeje firmy závisí převážně na struktuře transakce.
Prodávajícím je fyzická osoba
Z pohledu fyzické osoby je daňově nejefektivnějším způsobem prodeje firmy prodej akcií nebo obchodního podílu, ovšem pouze za předpokladu, že prodávající byl vlastníkem prodávané firmy nejméně po dobu 5 let (v případě prodeje společnosti s ručením omezeným), resp. 3 roky (v případě prodeje akciové společnosti) – při splnění této podmínky může být celý zisk z prodeje firmy osvobozen od daně. Je důležité mít na paměti, že výše uvedené platí pouze tehdy, pokud podíl ve firmě není součástí obchodního majetku podnikatele – fyzické osoby (!). A dále, časový test se uplatňuje na každý jednotlivý podíl ve firmě, tedy například pokud byl někdo majitelem 50% podílu ve společnosti s ručením omezeným déle než 5 let, ovšem dalších 50% získal pouze před dvěma lety, pak se osvobození od daně vztahuje pouze na ten 50%-ní podíl, který vlastnil déle než 5 let.
Pokud prodávaný podíl neprojde výše uvedeným časovým testem, realizovaný kapitálový zisk je předmětem zdanění.
Někdy se stává, že prodávající prodává svůj závod, který provozoval coby podnikatel – fyzická osoba. To se obvykle provádí formou prodeje závodu, kdy prodávající osoba normálně zdaní výnos z prodeje. Daňově výhodnou cestou, jak prodej závodu uskutečnit, je provést vklad závodu do základního jmění právnické osoby (k tomu je nutné provést ocenění závodu znalcem) a následně prodat podíl v předmětné právnické osobě za znalcem stanovenou cenu – takto totiž na prodeji právnické osoby není realizován žádný zisk.
Prodávajícím je právnická osoba
V případě prodeje akciového nebo obchodního podílu právnickou osobou je kapitálový zisk z prodeje dceřiné společnosti osvobozen od daně při splnění následujících podmínek:
- Prodávající (právnická osoba) je akciovou společností nebo společností s ručením omezeným;
- Prodávaný podíl činí 10% a více;
- Prodávající právnická osoba byla majitelem prodávaného obchodního podílu po dobu delší než 12 měsíců.
Tento daňově výhodný režim prodeje nelze uplatnit, pokud je dceřiná společnost (prodávaná společnost) v likvidaci. Pokud nebyla naplněna lhůta 12 měsíců pro držení prodávaného podílu, kapitálový zisk se normálně daní, přičemž za náklady (položku snižující daňový základ) lze považovat účetní hodnotu prodávaného akciového či obchodního podílu.